Иону в Митрополиты, ссылаясь будто бы, как сказано в некоторых летописях, на данное ему (в 1437 году) Патриархом благословение; но Иона в грамотах своих, написанных им тогда же ко всем Епископам Литовской России, говорит, что он избран по уставу Апостолов Российскими Святителями, и строго укоряет Греков Флорентийским Собором. По крайней мере с того времени мы сделались уже совершенно независимы от Константинополя по делам церковным: что служит к чести Василия. Духовная опека Греков стоила нам весьма дорого. В течение пяти веков, от Св. Владимира до Темного, находим только шесть Митрополитов-Россиян; кроме даров, посылаемых Царям и Патриархам, иноземные Первосвятители, всегда готовые оставить наше отечество, брали, как вероятно, меры на сей случай, копили сокровища и заблаговременно пересылали их в Грецию. Они не могли иметь и жаркого усердия к Государственным пользам России; не могли и столько уважать ее Государей, как наши единоземцы. Сии истины очевидны; но страх коснуться Веры и переменою в ее древних обычаях соблазнить народ не дозволял Великим Князьям освободиться от уз духовной Греческой власти; несогласия же Константинопольского Духовенства по случаю Флорентийского Собора представили Василию удобность сделать то, чего многие из его предшественников хотели, но опасались. — Избрание Митрополита было тогда важным Государственным делом: он служил Великому Князю главным орудием в обуздании других Князей. Иона старался подчинить себе и Литовские Епархии: доказывал тамошним Епископам, что преемник Исидоров, Григорий, есть Латинский еретик и лжепастырь; однако ж не достиг своей цели и возбудил только гнев Папы Пия II, который нескромною Буллою (в 1458 году) объявил Иону злочестивым сыном, отступником, и проч.
[1449—1450 гг.] Вторым попечением Василия было утвердить наследственное право юного сына: он назвал десятилетнего Иоанна соправителем и Великим Князем, чтобы Россияне заблаговременно привыкли видеть в нем будущего Государя: так именуется Иоанн в договорах сего времени, заключенных с Новымгородом и с разными Князьями. Во время несчастия Василиева Новогородцы признали Шемяку своим Князем и заставили его клятвенно утвердить все древние права их: Василий, желая тогда отдохновения и мира, также дал им крестный обет не нарушать сих прав, довольствоваться старинными Княжескими пошлинами и не требовать народной, или черной дани. Знатнейшие сановники Новагорода приезжали в Москву и написали договор, во всем подобный тем, какие они заключали с Ярославом Ярославичем и другими Великими Князьями XIII века. — Столь же снисходительно поступил Василий и со внуками Кирдяпы: оставил их господствовать в Нижнем, в Городце, в Суздале, с условием, чтобы они признавали его своим верховным повелителем, отдали ему Древние ярлыки Ханские на сей Удел, не брали новых и вообще не имели сношений с Ордою. — Князь Рязанский, Иоанн Феодорович, обязался грамотою не приставать ни к Литве, ни к Татарам; быть везде заодно с Василием и судиться у него в случае раздоров с Князем Пронским; а Великий Князь обещал уважать их независимость, возвратив Иоанну многие древние места Рязанские по берегам Оки; Бориса же Тверского называет в грамоте равным себе братом, уверяя, что ни он, Василий, ни сын его не будет мыслить о присоединении Твери к Московским владениям, хотя бы Татары и предложили ему взять оную. Из благодарности к верным своим друзьям и сподвижникам, Василию Ярославичу Боровскому и Михаилу Андреевичу, брату Иоанна Можайского, Великий Князь утвердил за первым Боровск, Серпухов, Лужу, Хотунь, Радонеж, Перемышль, а за вторым Верею, Белоозеро, Вышегород, оставив им обоим часть в Московских сборах и даже освободив некоторые области Михаилова Удела на несколько лет от Ханской дани, то есть взял ее на себя. Сии грамоты были все подписаны Митрополитом Ионою, который способствовал и доброму согласию Василиеву с Казимиром. Посол Литовский, Гарман, был тогда в Москве с письмами и с дарами; а Великий Князь посылал в Литву Дьяка своего, Стефана. Иона, называясь отцем обоих Государей, уверял Казимира, что Василий искренно хочет жить с ним в любви братской.
Новое вероломство Шемяки нарушило спокойствие Великого Княжения. Еще в конце 1447 года Епископы Российские от имени всего Духовенства писали к нему, что он не исполняет договора: не отдал увезенной им Московской казны и драгоценной святыни; грабит Бояр, которые перешли от него в службу к Василию; сманивает к себе людей Великокняжеских; тайно сносится с Новымгородом, с Иоанном Можайским, с Вяткою, с Казанью. Над Синею, или Ногайскою Ордою, рассеянною в степях между Бузулуком и Синим, или Аральским морем, отчасти же между Черным и рекою Кубою, господствовал Седи-Ахмет, коего Послы приезжали к Великому Князю: Шемяка не хотел участвовать в издержках для их угощения, ни в дарах Ханских, ответствуя Василию, что Седи-Ахмет не есть истинный Царь. «Ты ведаешь, — писали Святители к Димитрию, — сколь трудился отец твой, чтобы присвоить себе Великое Княжение, вопреки воле Божией и законам человеческим; лил кровь Россиян, сел на престоле и должен был оставить его; выехал из Москвы только с пятью слугами и сам звал Василия на Государство; снова похитил оное — и долго ли пожил? Едва достиг желаемого, и се в могиле, осужденный людьми и Богом. Что случилось и с братом твоим? В гордости и высокоумии он резал Христиан, Иноков, Священников: благоденствует ли ныне? Вспомни и собственные дела свои. Когда безбожный Царь Махмет стоял у Москвы, ты не хотел помогать Государю и был виною Христианской гибели: сколько истреблено людей, сожжено храмов, поругано девиц и Монахинь? Ты, ты будешь ответствовать Всевышнему. Напал варвар Мамутек: Великий Князь сорок раз посылал к тебе, молил идти с ним на врага; но тщетно! Пали верные воины в битве крепкой: им вечная память, а на тебе кровь их! Господь избавил Василия от неволи: ослепленный властолюбием и презирая святость крестных обетов, ты, второй Каин и Святополк в братоубийстве, разбоем схватил, злодейски истерзал его: на добро ли себе и людям? Долго ли господствовал? и в тишине ли? Не беспрестанно ли волнуемый, пореваемый страхом, спешил из места в место, томимый в день заботами, в нощи сновидениями и мечтами? Хотел большего, но изгубил свое меньшее. Великий Князь снова на престоле и в новой славе: ибо данного Богом человек не отнимает. Одно милосердие Василиево спасло тебя. Государь еще поверил клятве твоей и паки видит измену. Пленяемый честию Великокняжеского имени, суетною, если она не Богом дарована; или движимый златолюбием, или уловленный прелестию женскою, ты дерзаешь быть вероломным, не исполняя клятвенных условий мира: именуешь себя Великим Князем и требуешь войска от Новогородцев, будто бы для изгнания Татар, призванных Василием и доселе им не отсылаемых. Но ты виною сего: Татары немедленно будут высланы из России, когда истинно докажешь свое миролюбие Государю. Он знает все твои происки. Тобою наущенный Казанский Царевич Мамутек оковал цепями Посла Московского. Седи-Ахмета не признаешь Царем; но разве не в сих же Улусах отец твой судился с Великим Князем? Не те ли же Царевичи и Князья служат ныне Седи-Ахмету? Уже миновало шесть месяцев за срок, а ты не возвратил ни святых крестов, ни икон, ни сокровищ Великокняжеских. И так мы, служители олтарей, по своему долгу молим тебя, господин Князь Димитрий, очистить совесть, удовлетворить всем праведным требованиям Великого Князя, готового простить и жаловать тебя из уважения к нашему ходатайству, если обратишься к раскаянию. Когда же в безумной гордости посмеешься над клятвами, то не мы, но сам возложишь на себя тягость духовную: будешь чужд Богу, Церкви, Вере и проклят навеки со всеми своими единомышленниками и клевретами». — Сие послание не могло тронуть души, ожесточенной злобою. Прошло два года без кровопролития, с одной стороны в убеждениях миролюбия, с другой в тайных и явных кознях. Наконец Димитрий решился воевать. Он хотел нечаянно взять Кострому; но Князь Стрига и мужественный Феодор Басенок отразили приступ. Узнав о том, Василий собрал и полки и Епископов, свидетелей клятвы Шемякиной, чтобы победить или устыдить его. Сам Митрополит провождал войско к Галичу. Как усердный Пастырь душ, он еще старался обезоружить врагов: успел в том, но ненадолго. Шемяка не преставал коварствовать и замышлять мести. Тогда — видя, что один гроб может примирить их — Василий уже хотел действовать решительно; призвал многих Князей, Воевод из других городов, и составил ополчение сильное. Шемяка, думая сперва уклониться от битвы, пошел к Вологде; но, вдруг переменив мысли, расположился станом близ Галича: укреплял город, ободрял жителей и всего более надеялся на свои пушки. Василий, лишенный зрения, не мог сам начальствовать в битве: Князь Оболенский предводительствовал Московскими полками и союзными Татарами. Оставив Государя за собою, под щитами верной стражи, они стройно и бодро приближались к Галичу. Шемяка стоял на крутой горе, за глубокими оврагами; приступ был труден. То и другое войско готовилось к жестокому кровопролитию с равным мужеством: Москвитяне пылали ревностию сокрушить врага ненавистного, гнусного злодеянием и вероломством: а Шемяка обещал своим первенство в Великом Княжении со всеми богатствами Московскими. Полки Василиевы имели превосходство в силах, Димитриевы выгоду места. Князь Оболенский и Царевичи ожидали засады в дебрях; но Шемяка не подумал о том, воображая, что Москвитяне выйдут из оврагов утомленные, расстроенные и легко будут смяты его войском свежим: он стоял неподвижно и смотрел, как неприятель от берегов озера шел медленно по тесным местам. Наконец Москвитяне достигли горы и дружно устремились на ее высоту; задние ряды их служили твердою опорою для передних, встреченных сильным ударом полков Галицких. Схватка была ужасна: давно Россияне не губили друг друга с таким остервенением. Сия битва особенно достопамятна, как последнее кровопролитное действие Княжеских междоусобий… Москвитяне одолели: истребили почти всю пехоту Шемякину и пленили его Бояр: сам Князь едва мог спастися: он бежал в Новгород. Василий, услышав о победе, благодарил Небо с радостными слезами; дал Галичанам мир и своих, Наместников; присоединил сей Удел к Москве и возратился с веселием в столицу.
Новогородцы не усомнились принять Димитрия Шемяку, величаясь достоинством покровителей знаменитого изгнанника и надеясь чрез то иметь более средств к обузданию Василия в замыслах его самовластия; не хотели помогать Димитрию, однако ж не мешали ему явно готовиться к неприятельским действиям против Великого Князя и собирать воинов, с коими он чрез несколько месяцев взял Устюг. Шемяка мыслил завоевать северный край Московских владений, хотел приобрести любовь жителей и для того не касался собственности частных людей, довольствуясь единственно их присягою; но те, которые не соглашались изменить Великому Князю, были осуждены на смерть: бесчеловечный Шемяка навязывал им камни на шею и топил сих