1671 года боярыню вместе с сестрой, княгиней Евдокией Урусовой, взяли под стражу. Чудовский архимандрит Иоаким с «великою гордостию» вошёл в покои боярыни и приказал ей встать. «Как, — спрашивал он, — крестишься и как молитву творишь?» В ответ Морозова сложила персты по древнему апостольскому преданию и произнесла: «Господи Исусе Христе, Сыне Божии, помилуй нас!» То же самое повторила княгиня Урусова. Гневу архимандрита не было границ: «Понеже не умела еси жити в покорении, но в прекословии своем утвердилася еси, сего ради царское повеление постиже на тя, еже отгнати тя от дому твоего. Полно тебе жити на высоте (то есть в покоях боярских. — ?.К.), сниди долу; востав, иди отсюду!»
На сестёр надели цепи и насильно выволокли из комнат. Со слезами на глазах провожал мать юный сын Иван Глебович. Он видел её в последний раз.
18 ноября сестёр Феодосию и Евдокию уже допрашивали в Чудовом монастыре «духовные власти». Никонианские архиереи ловко сыграли на личной ненависти царя к Морозовой и в споре о вере прямо поставили вопрос: «В краткости вопрошаем тя, — по тем служебникам, по коим государь царь причащается и благоверная царица и царевичи и царевны, ты причастиши ли ся?» Морозова столь же прямо отвечала: «Не причащуся». Обе сестры отказались причаститься даров, освящённых по никоновским служебникам, назвав властей предержащих еретиками.
Все попытки повлиять на сестёр были тщетны, и тогда их заковали в ошейники с цепями и повезли по улицам Москвы. Власти хотели публично опозорить высокородных сестёр. Но и это их не сломило. Их позор обернулся настоящим триумфом. За санями с боярыней-инокиней следовало множество народа (именно эту сцену запечатлел в своей гениальной картине художник В.И. Суриков). «Она же седши и стул близ себе положи (то есть тяжелую колоду, к которой были прикованы цепи. — ?.К.). И везена бысть мимо Чюдова под царския переходы, руку же простерши десную свою великая Феодора и ясно изъобразивши сложение перст, высоце вознося, крестом ся часто ограждаше, чепию же такожде часто звяцаше. Мняше бо святая, яко на переходех царь смотряет победы ея, сего ради являше себе не точию стыдетися, ругания ради их, но и зело услаждатися любовию Христовою и радоватися о юзах». «Смотрите, смотрите, православные! — кричала она. — Вот моя драгоценная колесница, а вот цепи драгие… Молитесь же так, православные, вот сицевым знамением. Не бойтесь пострадать за Христа».
После этого сестёр заключили по разным монастырям: Феодору на подворье Псково-Печерского монастыря, находившееся в Белом городе, на Арбате, а Евдокию в Алексеевский Зачатьевский девичий монастырь на Пречистенке. Там они подвергались всяческим лишениям.
Вскоре на долю Морозовой выпало новое испытание: её сын Иван Глебович, ещё совсем молодой юноша, «от многия печали впаде в недуг… и так его улечиша, яко в малех днех и гробу предаша». Зарыдала боярыня и «падши на землю пред образом Божиим, умильным гласом с плачем и рыданием вещаше: увы мне, чадо мое, погубишатя отступницы!». Да, в XVII веке в Аптекарском приказе лекари были отменные, и уж что-что, а «залечить» умели!
Теперь царь мог легче расправиться с неугодной боярыней. После смерти Ивана всё огромное морозовское имущество было распродано, вотчины розданы другим боярам, а братья Морозовой Феодор и Алексей Соковнины высланы подальше из Москвы.
Для увещания боярыни к ней явился сам патриарх Питирим. «Дивлюся аз, — говорил он ей, — яко тако возлюбила еси чепь сию и не хощеши с нею и разлучитися». — «Воистину возлюбих, — отвечала Морозова, — и не точию просто люблю, но ниже еще насладихся вожделеннаго зрения юз сих! Како бо и не имам возлюбити сия, понеже аз таковая грешница, благодати же ради Божия сподобихся видети на себе, купно же и поносити, Павловы юзы, да еще за любовь единороднаго Сына Божия!» Тогда патриарх сказал: «Доколе имаши в безумии быти? Доколе не помилуеши себе, доколе царскую душу возмущаеши своим противлением? Остави вся сия нелепая начинания и послушай моего совещания, еже, милуя тя и жалея, предлагаю тебе: приобщися соборней церкви и росийскому собору, исповедався и причастився». — «Некому исповедатися, — отвечала Морозова, — ниже от кого причаститися… Много попов, но истиннаго несть». Разгневался патриарх и, «ревый, яко медведь», закричал своим слугам: «Поверзите ю долу, влеките нещадно! И яко пса за выю влачаще, извлецыте ю отсуду! Вражия она дщерь, страдница (каторжница), несть ей прочее жити! Утре страдницу в струб!» Боярыню начали избивать и прямо по полу потащили за цепь. «И сице ей влекоме с лестницы, все степени главою своею сочла».
Зимой 1673 года инокиню Феодору, Евдокию Урусову и их единомышленницу Марию Данилову подвергли жестоким пыткам. Их, полуобнажённых, поднимали на дыбу, встряхивали и выворачивали руки. Боярыню «держали на тряске долго, и ремнём руки до жил протерли». Когда начали бить пятью плетьми Марию Данилову, Морозова не выдержала и стала говорить мучителям: «Это ли христианство, чтобы людей так мучили?» После пытки раздетых страдалиц бросили прямо на снег. Так они пролежали часа три, а в это время на Болотной площади — напротив Кремля за Москвой-рекой, куда выходил государев сад, где казнили еретиков и преступников и устраивали кулачные потехи, — стали готовить срубы, наполненные соломой… «Патриарх же вельми просил Феодоры на сожжение, да боляре не потянули». Бояре боялись всенародной казни родовитой узницы, поскольку это могло создать нежелательный для них прецедент.
Убедившись в непреклонности Морозовой, царь через три дня после пытки прислал к ней стрелецкого голову со следующими ласковыми словами: «Мати праведная Феодосия Прокопиевна! Вторая ты Екатерина мученица! Молю тя аз сам, послушай совета моего. Хощу тя аз в первую твою честь вознести. Дай мне таковое приличие людей ради, что аки недаром тебя взял: не крестися треме персты, но точию, руку показав, наднесе на три те перста! Мати праведная Феодосия Прокопиевна! Вторая ты Екатерина мученица! Послушай, аз пришлю по тебя каптану (карету) свою царскую и со аргамаками своими, и придут многие боляре, и понесут тя на головах своих. Послушай, мати праведная, аз сам, царь, кланяюся главою моею, сотвори сие!» Но боярыня не вняла этим льстивым словам, решившись страдать до конца.
Вскоре суд Божий постиг патриарха Питирима — 19 апреля 1673 года он скончался; как свидетельствует диакон Феодор, «у живаго у него прогнило горло и вскоре умре от тоя лютыя болезни». Новым патриархом стал новгородский митрополит Иоаким. Боярыню перевели в Новодевичий монастырь, где её содержали под строгим началом и насильно заставляли присутствовать при никонианских богослужениях. Но это возымело противоположный эффект: к Новодевичьему монастырю стало стекаться множество представителей знати и простого народа, которые приезжали не для службы, а чтобы лично увидеть знаменитую страдалицу и поклониться ей. Тогда царь повелел перевести её в Хамовную слободу, во двор старосты. Сестра царя, царевна Ирина Михайловна, просила его не мучить Морозову. «Он же зарыча гневом великим и рече: “Добро, сестрица, добро! Коли ты дятчишь об ней, тотчас готово у мене ей место!”»
Этим местом стал тюремный острог в Боровске, куда все три узницы были отправлены в заточение. Начало заточения Морозовой в Боровске относится к концу 1673-го — началу 1674 года. Здесь уже находилась заточённая «тоя же ради веры» инокиня Иустина. Несколько позже в Боровск доставили княгиню Урусову и Марию Данилову. В сырой и тёмной земляной тюрьме Боровска они провели около двух лет.
Но всё же первое время узницы жили в остроге относительно спокойно. Охранявшие их сотники были ещё в Москве задобрены Иоакинфом Даниловым — супругом Марии Даниловой, «чтобы не свирепы были». Узниц посещали племянник Данилова Иродион, их наставница мать Мелания и другие, сочувствовавшие им. Однако как только об этих посещениях стало известно в Москве, был составлен указ о расследовании того, что делается в тюрьме (23–24 марта 1675 года). В Боровск внезапно прибыл подьячий Павел, который «с пристрастием» расспрашивал сотников. В результате у узниц отобрали книги, иконы, одежду и пищу, а охранявших их сотников сослали простыми солдатами в Белгород на «вечное житьё». Положение заточённых резко ухудшилось. Худая одежда их за это время истлела, яма кишела насекомыми и гадами. Пищу им давали самую скудную: «а когда ясти подадут, тогда пить не дают; а когда пить подадут, тогда ясти не подадут». Но и в этих нечеловеческих условиях мученицы продолжали творить непрестанную молитву, навязав из тряпиц пятьдесят узлов вместо отобранных четок и по ним, словно по «небесовосходной лествице», устремляясь в иной мир.
Вскоре началось новое расследование. 29 июля 1675 года был прислан дьяк Феодор Кузмищев, который «мучениц истязал». В конце июня 1675 года на площади в срубе были сожжены 14 боровских узников, в том числе бывший слуга Морозовой Иван и её соузница инокиня Иустина. По распоряжению дьяка Кузмищева боярыню Морозову и княгиню Урусову из опустевшего после казни острога перевели в новоустроенную земляную тюрьму, в «пятисаженные ямы», а Марию Данилову поместили в тюрьму, где «злодеи сидят». Под страхом смерти охранникам запретили давать заключенным пищу и питьё…
Первой не выдержала княгиня Евдокия Прокопьевна Урусова — она скончалась 11 сентября 1675 года. «Феодора тремя нитьма во имя единосущныя Троицы пови тело любезныя сестры своея и соузницы Евдокии, и увязав вервью». Стражи извлекли за веревку её тело из земляной ямы и сначала хотели тайно зарыть в лесу. Но и после смерти она не давала покоя мучителям. Не только живую, но и мёртвую они боялись выпускать её на волю. Тело княгини, по указу царя, закопали внутри острога.
К Морозовой, уже измождённой от «глада и жажди, и от задухи, и вшей», перевели Марию Данилову. Чувствуя приближение смерти, боярыня в последний раз «взалкала», проявив человеческую слабость, призвала стражника и попросила: «Рабе Христов! Есть ли у тебя отец и мати в живых или преставилися? И убо аще живы, помолимся о них и о тебе, аще же умроша — помянем их. Умилосердися, раб Христов! Зело изнемогох от глада и алчу ясти, помилуй мя, даждь ми колачика». Стражник же отвечал: «Ни, госпоже, боюся». Тогда боярыня снова попросила его: «И ты поне (хотя бы) хлебца». — «Не смею», — отвечал стражник. Умоляла боярыня дать ей «мало сухариков», яблочко, огурчик и всякий раз слышала отказ. Тогда она попросила исполнить её последнюю просьбу: похоронить рядом с сестрою. Позвав другого стражника, она отдала ему свою рубашку и попросила постирать её на реке: «Се бо хощет мя Господь пояти от жизни сея, и неподобно ми есть, еже телу сему в нечисте одежди возлещи в недрех